Järnefelt gjorde sin huvudsakliga karriär som operadirigent. Han umgicks också kring sekelskiftet med allvarliga planer på att tonsätta en opera som då skulle ha baserats på en förfinskad version av en medeltida engelsk ballad och hetat Brodermördaren. Senare, i början av 1910-talet, föreslog man honom en opera grundad på Juhani Ahos roman Juha, men han avstod från företaget.
Järnefelt kom således aldrig att komponera någon opera, men skådespelsmusik i övrigt var en bekant genre för honom. Han satte musik till inalles fyra skådespel.Till föreställningar i Finland tillkom musik till Miranda baserad på Topelius saga (1901), till Immi Helléns bibliska drama Det förlovade landet (1907) och till brodern Arvids skådespel Titus (1910); i Sverige hade Aristofanes Fåglarna premiär 1928 vartill Järnefelt hade komponerat musiken.
Till dessa skådespel skrev Järnefelt både fristående musikstycken, sånger och melodramer (talade avsnitt med underlagd musik). Stilmässigt representerar de enskilda numren en omfångsrik skala i enlighet med kraven från skiftande tilldragelser på scenen. I konsertsalarna känner man bäst till den tresatsiga sviten ur skådespelsmusiken till Det förlovade landet, som hör till hans mest helgjutna skapelser och som väl kan jämföras med sviterna ur Sibelius skådespelsmusik.
Ett med skådespelsmusik nära besläktat alster är musiken till den 1911 tillkomna filmen Sången om den eldröda blomman, en film av den finsk-svenske mästarregissören Mauritz Stiller som baserar sig på Johannes Linnankoskis succéroman och som också blev den blomstrande svenska stumfilmens dittills största framgång. Det är fråga om en pionjärgärning inom nordisk film; den första nordiska långfilm till vilken komponerades en genomgående originalmusik. Det finska motivet fick Järnefelt att ta till nationalromantiska stilgrepp, men uttrycksskalan är vid och sträcker sig från ömsint lyrik till effektfull dramatik. Av filmmusiken känner man bäst till den skummande romantiska forsfararscenen av vilken Järnefelt själv har gjort en orkesterversion kallad Forsfärden.